ツールは、ダウンロードページからダウンロードしてください。解凍したファイルを適当なフォルダに置けば、そのまま起動できます。最低限の使い方なら、このページを読むだけで使えるはずです。
（ページ内リンク ： ▼STEP1 最初に設定するところ ／ ▼STEP2 ダウンロードしたい動画をリストに登録する ／ ▼STEP3 ダウンロードを開始する ／ ▼いくつかの補足 ）
・とりあえず、次の部分だけ設定すれば使えると思います。
・お選びのブラウザでニコニコ動画にログインしているあいだは、特に何もしなくても、このツールも正常に動作するはずです。
（あるいは、「詳細設定」というボタンを押して、ニコニコ動画のメアドとパスワードを入力することでも動作します。うまくいかない場合はログインの説明をご覧ください）
・動画の登録は、下のどちらかから行います。
・赤色で囲んだ入力欄に、動画やマイリストのURLを入力するのが基本です。
・同じものを何度も入力するなら、それを青色で囲んだツリーに登録して、選ぶだけで使えるようにしておく……みたいな感じになります。
（※「これをブクマ」というボタンを押すと、現在の入力欄の内容が、ツリーに追加されます）
・たとえば、次のような操作になります。
（※検索結果が多すぎる場合は、「辿るページの上限」にチェックしたり、「中止」というボタンを押してください）
・リストのうち、ダウンロードしたい動画をダブルクリックします。
（※リストのすべての動画をダウンロードしたい場合は、「ダウンロード」というボタンを押してください。このあたりの詳細はダウンロードを開始する操作方法の説明をご覧ください）
・あとは、ダウンロードの完了を待つだけです。
・ダウンロードが完了すると、次のようなファイルが保存されています。
・コメントのファイル名は、リストに表示されていた「保存ファイル名」の末尾に、「このファイルが含むコメント番号が何番から何番か」といった情報を加えたものになります。
・これが不要な場合は、「末尾情報なし」にチェックしてください。
（その他、ファイル名の付け方については、保存するファイル名の設定方法の説明をご覧ください）
・ダウンロードしたファイルが保存される場所は、次のように設定します。
・クイックガイドは以上です。おつかれさまでした。
・もしも継続してお使いになる場合は、なにか便利な使い方ができるかもしれませんので、気が向いたら、ほかの説明も読んでみてください。
（とりあえず、ニコニコ動画の各ページからダウンロードリストに登録する方法の説明がオススメです）